酸奶是典型发酵食品，由于优势菌群（乳酸菌）的存在，其他微生物很难生长繁殖，因此安全性颇高。
然而，如果在发酵初期乳酸菌还没有站稳脚跟的情况下混入了杂菌，有可能导致酸奶发酵失败，甚至产生食品安全问题。无论是巴氏灭菌奶还是常温奶，都是经过灭菌处理的，即使用奶粉冲调也可以发酵酸奶，但要注意容器具清洁。
真正出问题的，往往是消费者舍不得花钱买菌种，用吃剩的酸奶做“药引子”，这种做法在实验室里叫“接种”或“传代”。由于家庭不是无菌环境，这个过程容易受到杂菌污染，而且吃剩的酸奶中活的乳酸菌也不见得很多，这就给杂菌繁殖带来机会。此外，传代过程中乳酸菌可能发生变异，导致风味口感改变，甚至发酵性能降低。
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